Die Erforschung der Herkunft von ab 1933 in die Sammlung gelangten Kunstwerken, die möglicherweise von den Nationalsozialisten aus jüdischem Besitz beschlagnahmt wurden, ist mit der Erklärung der Washingtoner Konferenz über Holocaust-Vermögen am 3. Dezember 1998 auch in der Staatlichen Graphischen Sammlung immer stärker in den Fokus der Arbeit gerückt.

Von Dezember 2011 bis September 2013 untersuchte ein Projekt 617 Aquarelle und Zeichnungen Rudolfs von Alt aus ehemaligem NS-Besitz auf möglichen verfolgungsbedingten Entzug.

Seit 2015 ist die Staatliche Graphische Sammlung München Mitglied des Forschungsverbund Provenienzforschung Bayern.

2018/19 wurde das Jahresinventar der Zeichnungen ab 1933 als Grundlage für eine systematische Provenienzforschung digital erfasst.

Seit März 2023 werden in einem weiteren Projekt die Provenienzen der zwischen 1933 und 1945 erworbenen Handzeichnungen systematisch erforscht.